O MAL-PEG-COOH pode ser usado para modificar proteínas, polipéptidos e outros materiais com grupos ativos. O carboxilo (-COOH) pode facilmente formar ligações aminas estáveis com o amino, ou pode formar ligações éster com o hidroxilo. A malaimida e os grupos mercetais formam facilmente ligações de enxofre estáveis em PH6.5-7.5.