Os polipéptidos são grandes moléculas e cada sequência de polipéptidos tem suas propriedades físicas e químicas. Alguns péptidos são difíceis de sintetizar, outros são relativamente fáceis de sintetizar, mas a purificação é difícil, principalmente insolúvel em água, então na purificação, esses péptidos hidrofóbicos devem ser dissolvidos em solventes não aquáticos ou tampões especiais, no entanto, esses solventes ou tampões podem não ser adequados para aplicações em sistemas experimentais biológicos, os pesquisadores não podem usar o péptido para fins de pesquisa.
　　
Os sintetizadores da Boetson forneceram algumas sugestões sobre o design de peptídeos para os pesquisadores após anos de exploração e acumulação:
　　
Tornar-se difícil é fácil
　　
A redução do comprimento da sequência do aumento do comprimento do péptido resulta em uma redução da pureza do produto bruto e péptidos com menos de 15 resíduos são mais fáceis de obter. Quando a cadeia peptídica aumenta para mais de 20, a quantidade de produto normal deve ser considerada. Na prática específica, os resíduos abaixo de 20 tendem a obter melhores resultados.
　　
Reduzir os resíduos hidrofóbicos Os resíduos hidrofóbicos representam uma vantagem clara do péptido, especialmente na área de 7-12 resíduos da extremidade C, causará dificuldades de síntese, geralmente acredita-se que devido à formação de folhas dobradas beta na síntese, o emparelhamento não é produzido. É claro que pode ser substituído por vários resíduos polares, ou adicionar Gly ou Pro estruturas peptídicas de fácil abertura pode ajudar.
　　
Reduzir a "dificuldade" de resíduos com vários resíduos Cys, Met, Arg, Try são geralmente difíceis de sintetizar. Ser geralmente pode ser substituído como não oxidante.
　　
Melhoria da solubilidade
　　
Alterar o péptido ácido N-terminal ou C-terminal (com carga negativa quando o pH é de 7) sugerimos; A acetilação da extremidade N mantém o carboxilo livre para aumentar a carga negativa. Peptídeos alcalinos (com carga positiva quando o pH é de 7) aminoficam aminos livres do segmento N no extremo C para aumentar a carga positiva.
　　
Algumas sequências contêm grandes quantidades de aminoácidos hidrofóbicos, como Trp, Phe, Val, Ile, Leu, Met,
　　
Tyr, Ala, etc. geralmente são difíceis de dissolver quando esses resíduos hidrofóbicos são maiores de 50%. Para aumentar a polaridade do péptido, a sequência alongada pode ser útil. Outra opção é reduzir o comprimento da cadeia peptídica para aumentar a polaridade, reduzindo os resíduos hidrofóbicos. Quanto maior a polaridade da cadeia peptídica, maior a probabilidade de se dissolver em água.
　　
Adicionar resíduos solúveis para alguns aminoácidos polares pode melhorar a solúvilidade. Péptidos ácidos podem ser adicionados na extremidade N ou C
　　
O péptido Glu-Glu. alcalino pode ser adicionado a Lys-Lys. na extremidade N ou C, se não for possível juntar-se ao grupo carregado. Ser-Gly-Zer pode ser adicionado à extremidade N ou C. No entanto, este método não funciona quando as duas extremidades da cadeia peptídica não podem ser alteradas.
　　
A solubilidade da cadeia peptídica alterada pela substituição de um ou mais resíduos pode ser melhorada alterando a sequência de certos resíduos, geralmente a substituição de um único resíduo pode alterar significativamente sua hidrofobia. Essa mudança é mais conservadora, como substituir Ala por Gly.
　　
Se uma sequência pode ser usada para preparar muitos péptidos de um determinado comprimento ligados ou sobrepostos uns aos outros, o objetivo da sequência pode ser alcançado alterando o ponto de partida de cada péptido. O princípio é criar um novo e melhor equilíbrio entre os resíduos hidrofílicos e hidrofóbicos do mesmo polipéptido, ou colocar os resíduos "difíceis" do mesmo polipéptido (como colocar dois Cys) em dois péptidos mais diferentes em vez de concentrar-se na mesma molécula.
　　
Pequim Boosen biotecnologia Co., Ltd. - sala de síntese de péptidos